وی از ۱۴ سالگی به عرصه سیاست گام نهاد و در سال ۱۹۵۹ در بنیانگذاری “حزب الدعوه الاسلامیه” زیر نظر پدرش مشارکت داشت. محمد باقر حکیم در خلال سال های ۱۹۶۲ تا ۱۹۷۵، در حالی که در سن ۲۴ سالگی به درجه اجتهاد دست یافته بود، به عنوان استاد علوم قرآنی در کلیه اصول دین دانشکده الهیات بغداد به تدریس اشتغال داشت. او در مدت اقامت در عراق طی همان سال ها سه مرتبه از سوی نیروهای حزب بعث دستگیر و در آخرین مرتبه محکوم به اعدام گردید که البته پس از گذراندن ۱۸ ماه زندان در پی صدور عفو عمومی آزاد شد.
سید محمد باقر حکیم در سال ۱۳۵۹ به ایران آمد و رژیم بعث او را به اتهام همکاری با دشمن به طور غیابی به اعدام محکوم کرد. حکیم در سال ۱۳۶۲ مجلس اعلای انقلاب‌اسلامی عراق را در ایران تشکیل داد که در ابتدا به عنوان سخنگو و از سال ۱۳۶۶ ریاست این مجلس را بر عهده گرفت، تا بتواند از این طریق فعالیت‌های سیاسی خود را ادامه دهد.
در سال۱۳۶۳ مزدوران بعثی عراق در یک حمله‌ناجوانمردانه، ۷۰ نفر از خانواده وی را که دربین آنان کودکان و افراد مسنی چون سید یوسف حکیم، سید محمد حسین‌حکیم و محمد علی حکیم بودند، دستگیرکرده و به زندان انداختند و ۹۰ نفر از خانواده وی به دست رژیم بعثی عراق به شهادت رسیدند. حکیم در مدت ۲۲ سال تبعید از هفت حادثه سوء قصدکه توسط رژیم بعثی ترتیب‌داده شده بود، جان سالم به در برد.
با توجه به این‌که وی جهاد مسلحانه را از مهمترین راههای مبارزه با رژیم بعث عراق می‌دانست، اقدام به تشکیل سپاه بدر، شاخه نظامی مجلس اعلای‌انقلاب اسلامی عراق نمود که خود مستقیما ریاست آن را برعهده داشت.
سیدمحمدباقر حکیم بیش از ۶۰ کتاب و رساله در رشته های مختلف علوم اسلامی شامل فقه، تفسیر، علوم قرآنی، جامعه شناسی، اقتصاد، تاریخ و علوم سیاسی به رشته تحریر درآورد. بر اساس اعلام دفتر حکیم در تهران وی از علما و مراجع بزرگ نظیر آیت‌الله سیدمحسن حکیم، امام خمینی(رض)، آیت الله گلپایگانی، شهید سیدمحمدباقر صدر، آیت الله سیدابوالقاسم خویی، آیت الله خامنه ای مقام معظم رهبری و برخی دیگر از علما و مراجع دارای اجازه بود. از شاگردان محمد باقر حکیم می‌توان به شهید سید عبدالصاحب حکیم، محمدباقر مهدی و شهید سید عباس موسوی (اولین دبیر کل حزب‌الله لبنان) اشاره کرد.
