ماجرای علی خلیلی به دستگاه قضا کشیده شد و دادستان تهران و دادستان کشور وعده دادند اینگونه جرائم را در لیست جرائم خاص قرار داده و به سرعت رسیدگی کنند ولی برخلاف قول و وعیدها این پرونده ۳۰۰ روز در دادگاههای تهران سرگردان بود تا اینکه بالاخره در اواخر فروردین ماه سال جاری حکم دادگاه برای احسان متهم اصلی پرونده صادر شد.
اسکندری وکیل مدافع علی خلیلی طلبه ناهی از منکر با بیان اینکه آخرین جلسه رسیدگی به این پرونده در تاریخ ۱۷ اسفند سال ۹۰ در شعبه ۱۰۳۳ مجتمع قضایی شهید قدوسی برگزار شد گفت: قاضی دادگاه متهم ردیف اول پرونده را به ۳ سال حبس و همچنین پرداخت ۳۵ میلیون تومان دیه محکوم کرده است. پس از صدور رای خانواده علی خلیلی از طریق وکیل خود به دادگاه تجدید نظر اعتراض کرده و پرونده وارد دادگاه تجدید نظر شد.
مشتاقفر مادر شهید علی خلیلی بعد از گذشت یک سال از این حادثه در آن زمان گفت: اعتراض ما به دیه نیست زیرا اساس خواسته ما رسیدگی به موضوع دیه نیست بلکه میخواهم بدانم آیا مجازات جرم و اقدامی که فرزند من به خاطرش به آن دنیا رفت کافی است. قوه قضائیه باید پاسخ دهد که چرا این حکم را که هیچ قاطعیتی در آن وجود ندارد و احتمال تکرار جرم را ممکن میکند، صادر کرده است.
حجت الاسلام علی خلیلی جانباز ناهی از منکر ساعت ۱۹ روز یکشنبه بر اثر بیماری طولانی پس از جراحات وارده، دعوت حق را لبیک گفت و به فیض شهادت نایل شد. گرچه پرونده عمر او بسته شد ولی هنوز پاسخ سوال مادر شهید علی خلیلی بی جواب مانده است.