چرخه سرمایهای نامعلوم شرکتهای ارائه دهنده، دسترسی آسان شرکتها به اطلاعات شخصی، وجود حفرههای امنیتی متعدد و … از جمله مشکلات این اپلیکیشنها است.
در همین راستا و با انتشار گستره محتوای مجرمانه و ارتکا به انواع جرایم علیه عفت و اخلاق اسلامی و امنیت عمومی در استفاده از این نرمافزارها، اخیر معاون اول قوه قضاییه نامهای به وزیر ارتباطات نوشته و خواهان اقدام عاجل در این زمینه شده است.
این نرمافزارها به شدت امنیت ملی را به خطر میاندازند و پرکاربردترین آنها یعنی وایبر و واتسآب به ترتیب متعلق به اسرائیل و آمریکاست.