کمال مهر؛ سومین امام جمعه تهران آیت الله سیدعلی خامنه ای در ۴۰ سالگی به این سمت منصوب شدند.
مقام معظم رهبری در آن زمان عضو شورای انقلاب اسلامی بود و هیچ مسوولیت اجرایی بر عهده نداشتند. از ۲۴ دی سال ۱۳۵۸ به مدت ۷۵ هفته متوالی تهران قرائت سوره جمعه را با تلاوت آیت الله خامنه ای شاهد بود تا در تاریخ شش تیر ۱۳۶۰، هدف سوءقصد منافقین قرار گرفتند.
بنابراین گزارش، پنجم مردادماه سال ۱۳۵۸ اولین نماز جمعه تهران به امامت آیت‌الله طالقانی اقامه شد، اما عمر آن مجاهد نستوه در فاصله‌ای کوتاه و در ۱۹ شهریور همان سال به پایان رسید. دومین امام جمعه تهران نیز آیت‌الله منتظری بود که در فاصله کوتاهی بعد از انتصاب به قم رفت و از امامت جمعه تهران استعفا کرد.
جواد مقصودی، رییس سابق ستاد نماز جمعه می‌گوید: «البته آقای منتظری هم بعد از مدتی گفت که من دیگر نمی‌خواهم بیایم. گفتیم چرا؟ سخن از حضور در حوزه علمیه قم به میان آورد و بعد از آن امام آقا را منصوب کردند. از حضور ایشان در این مسند خیلی خوشحال شدیم. ایشان خطیب خیلی خوبی بودند که بین انقلابیون به شدت محبوب بودند. حکم امام جمعه‌ای حضرت آقا را امام به ایشان داده بودند و من یادم هست که آقا همیشه می‌فرمودند که من این حکم را با هیچ چیز عوض نمی‌کنم.»
امام خمینی خطاب به آیت‌الله خامنه‌ای حکمی به این مضمون صادر کرد: «جنابعالی که بحمدالله به حسن سابقه موصوف و در علم و عمل شایسته هستید به امامت جمعه تهران منصوب می‌کنم.»
مقام معظم رهبری هم نخستین خطبه را در تاریخ ۲۸ دی ۵۸، چهار روز پس صدور حکم امام، در دانشگاه تهران ایراد کردند. ایشان اولین سخنانشان را چنین آغاز کردند: «… و سپاس از امام امت، از اینکه سخنگوی این جمعیت عظیم را و امام جماعت این جمع را آن کسی قرار داده است که به ضعف و عجز خود معترف است. اللّهم إنّ هذا مقام اولیائک و احبّائک، این مسند اولیای بزرگ خداست، این مسند صالحان و شایستگان است. در جمع خودِ ما این مسند عالم بزرگ و راحل عظیمی است که ملت ایران هنوز داغ فقدان او را در دل می‌پروراند، این مسند مرحوم آیت‌اللَّه طالقانی است، آن انسان زجرکشیده و کوشش کرده و پایمردی کرده‌ای که در آخرین لحظات زندگی‌اش، در آخرین نفس‌هایش هم، راه دیرین خود را گم نکرد، از مجاهدت دست نکشید، و آن گاه این مسند فقیهی همچون حضرت آیت‌الله منتظری است، استاد بزرگوار ما و استاد بزرگوار حوزه علمیه، لکن اکنون چنین شده است…»
امام جمعه جدید تهران در همان خطبه اول، جایگاه نماز جمعه را چنین تشریح کرد: «نماز جمعه یک سمبل است، رمز است، نشان‌دهنده ابعاد گوناگون است. اوّلاً نماز است؛ یعنی ذکر خداست… در نماز جمعه آنچه از همه چیز مهم‌تر است اجتماع مردم در جهت تقواست، یعنی تقوا هم، زهد هم، عبادت هم، ارتباط به خدا هم، در خلوت و تنهایی اثر مطلوب خود را نمی‌بخشد، این جامعه است که باید در این جهت حرکت کند… ثانیاً سلاح است، حالت جنگیدن با دشمن خدا و با شیطان‌هاست. امام جمعه که رمز نماز جمعه است باید به سلاحی تکیه کند، باید عصای خود را سلاحی قرار بدهد و در مقابل مردم بایستد و اساسی‌ترین و لازم‌ترین و اصلی‌ترین مسائل را در اجتماعی بزرگ از زبانی ایمن و مورد اطمینان با مردم در میان بگذارد و باید بر سلاح تکیه کند… و نماز جمعه ما مردمی که در این شهر، در تهران گرد آمده‌ایم، دارای بُعد افزون‌تری از همه نماز جمعه‌های دیگر است، همه نماز جمعه‌ها به طور طبیعی در مسجد تشکیل می‌شود و نماز جمعه ما در دانشگاه تشکیل می‌شود… تا نگویند- دشمنانی که انقلاب ما را با هر تدبیری و با هر شیوه‌ای خواستند لکه‌دار بکنند- که این یک انقلاب کور است، یک انقلاب بی‌جهت است؛ نه، قشرهای گوناگون مردم ما، زن و مرد ما، درس‌خوانده و درس‌ناخوانده ما، از همه گروه‌ها و قشرهای اجتماعی نمازی را که سمبل معنویت و نیز سمبل اقتدار ملّی است، در خانهٔ دانش برگزار می‌کند. این نماز جمعهٔ ماست.»
و در پایان اولین خطبه، پس از پاسخ به برخی شبهات موجود در جامعه، به وظیفه وحدت بخشی نمازجمعه توجه کرده و توصیه فرمودند که: «سعی کنید از تفرقه‌های تازه جلوگیری کنید، سعی کنید بر مشترکات اصولی، همه گِرد بیایید، سعی کنید دل‌ها به هم نزدیک شود، سعی کنید دل‌ها بیش از این از هم جدا نشود… امروز روزی نیست که مردم ما، هرچه بیشتر در میانهٔ خود، در داخلهٔ خود بر اساس مسائل گوناگون، بر اساس مسائل غیراصولی باز با یکدیگر اختلاف کنند.»
امامت جمعه مقام معظم رهبری را باید به سه دوره تقسیم کرد. ایشان در طول این سه دوره بیش از ۲۴۰ بار به اقامه نماز پرداخته‌اند. دوره نخست سال‌های ۱۳۵۸ تا ۱۳۶۰ که فضای عمومی کشور در بحران ناشی از فعالیت ضدانقلاب ملتهب شده بود و نماز جمعه به امامت ایشان به عنوان سنگر دفاعی، سیاسی و فرهنگی جدی شکل گرفته بود. در نهایت در تاریخ ششم تیرماه سال ۱۳۶۰ ایشان مورد سوء قصد قرار گرفته و حدود سه ماه در بیمارستان بستری بودند تا بهبود یافتند.
دوره دوم امامت جمعه ایشان با بهبودی نسبی و امکان حضور در جایگاه خطیب جمعه، از آخرین نماز جمعه سال ۱۳۶۰ آغاز شد و تا ارتحال امام امت در سال ۱۳۶۸ ادامه داشت. دوران پرماجرای دفاع مقدس، حوادث مختلف سیاسی این دوران و… سبب شد که ایشان بعدی از ابعاد خطیب جمعه را تقویت کنند و آن «استفاده از جایگاه نمازجمعه برای مدیریت بحران‌ها» بود.
دوره سوم امامت جمعه آیت‌الله خامنه‌ای که بعد از رحلت امام خمینی و در جایگاه رهبری انقلاب برگزار شد، با چنین مطلعی آغاز گردید: «… چهل روز از فقدان عظیم و مصیبت‌بار امام بزرگوارمان می‌گذرد و این اولین جمعه‌ای است که من در فقدان آن عزیز به نماز جمعه می‌آیم…» در آن خطبه تحلیلی جامع از رهبری امام خمینی در ده فراز ارایه و در خطبه دوم، نگاهی به آینده را ایراد فرمودند: «… ما در اداره داخلی کشور و در ارتباطات خارجی، از اصول انقلابی و اسلامی پیروی خواهیم کرد و دقیقاً همان راهی را که امام(ره) می‌پیمود، طی خواهیم کرد…»