این اولین موافقتنامه طی سال‌های اخیر است که در اتفاقی نادر در صحن علنی به تصویب نرسید و البته انتقاد و اعتراض مسعود پزشکیان نایب رئیس اول مجلس را هم به دنبال داشت.
وی که در غیاب لاریجانی اداره جلسه علنی را عهده‌دار بود، پس از عدم تصویب و رأی‌آوری این لایحه موافقتنامه خطاب به وکلای ملت گفت: ۱۱۴ نفر در جریان رأی‌گیری برای این لایحه رأی ندادند، از نمایندگان مجلس می‌خواهیم که در رأی‌گیری شرکت کنند.
پزشکیان همچنین در پاسخ به برخی نمایندگان که خواستار انجام رأی‌گیری مجدد بودند، تأکید کرد: پس از اتمام رأی‌گیری، نمی‌توان مجدداً رأی‌گیری کرد.
وکلای ملت با ۱۱۳ رأی موافق، ۳ رأی مخالف و ۱۷ رأی ممتنع از ۲۴۸ نماینده حاضر در صحن علنی، با کلیات لایحه موافقتنامه همکاری در زمینه حفظ نباتات و قرنطینه گیاهی بین دولت جمهوری اسلامی ایران و دولت جمهوری عراق مخالفت کردند.
برای تصویب کلیات یک لایحه یا طرح، نصف به علاوه یک نفر از نمایندگان حاضر در صحن مجلس باید به کلیات آن رأی موافق بدهند، با توجه به اینکه هنگام بررسی لایحه مذکور ۲۴۸ نفر از وکلای ملت در صحن علنی حضور داشتند، حداقل می‌بایست ۱۲۵ نفر از نمایندگان به کلیات این لایحه رأی موافق می‌دادند تا کلیات آن به تصویب می‌رسید.